Er is ook een Genderqueer Pride Flag, die schrijver en activist Marilyn Roxie in 2011 ontwierp met input van de lezers van de website Genderqueer Identities. Als de combinatie van de traditioneel mannelijke en vrouwelijke kleuren (blauw en roze), vertegenwoordigt lavendel androgynie en andere queer identiteiten, terwijl wit staat voor agender identiteit en groen staat voor degenen wiens identiteit buiten het binaire getal wordt gedefinieerd.
