De Intersex Pride Flag bestaat sinds 2013, toen Morgan Carpenter, toen covoorzitter van Intersex Human Rights Australia, het cre?erde en lanceerde. Carpenter was niet onder de indruk van enkele van de andere symbolen voor intersekse individuen en wilde een vlag "die niet afgeleid is maar toch stevig geworteld is in de betekenis", en hij belandde uiteindelijk op de versie die we vandaag kennen, met een paarse cirkel op een gele achtergrond. Carpenter gebruikte geel en paars omdat de kleuren als genderneutraal worden gezien, en de cirkel staat voor heelheid en volledigheid.
